Esistono ormai da diversi anni numerose applicazioni utili per la visualizzazione di molecole, sia di natura tremendamente semplice come ad esempio piccoli idrocarburi, che di natura molto più complessa come nel caso delle proteine.
Un software estremamente agevole e veloce è iMol.
Questo programma permette di visualizzare le varie molecole secondo differenti stili (es: sfere e bastoncini, sfere di Van Der Waals), ma anche secondo differenti combinazioni di colori, a seconda sia delle proprietà chimico-fisiche (es: idrofobicità) che delle strutture secondarie della molecola stessa. È possibile ruotare sia le molecole nella loro “interezza” che le differenti “strutture” che le compongono (ad esempio le differenti catene di una proteina) in maniera indipendente l’una dall’altra.
iMol supporta numerosi formati (XYZ, MOL2, HIN, CAR, ALC, BIO) oltre al più comune formato PDB (Protein Data Bank) e permette inoltre di esportare e salvare le immagini delle molecole anche come bitmap. Salvando le molecole in formato BIO è inoltre possibile conservare i dati relativi al rendering della molecola (orientamento, colori, etc.) evidenziando anche ad esempio alcuni fra i residui amminoacidici di nostro interesse.
iMol è disponibile gratuitamente per il download dal sito di Piotr Rotkiewicz, lo sviluppatore dell’applicazione, funziona con tutte le versioni di Mac OS X (dalla 10.2 alla 10.6.6) e si installa con un semplice drag and drop.