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Esistono ormai da diversi anni numerose applicazioni utili per la visualizzazione di molecole, sia di natura tremendamente semplice come ad esempio piccoli idrocarburi, che di natura molto più complessa come nel caso delle proteine.
Un software estremamente agevole e veloce è iMol.
Questo programma permette di visualizzare le varie molecole secondo differenti stili (es: sfere e bastoncini, sfere di Van Der Waals), ma anche secondo differenti combinazioni di colori, a seconda sia delle proprietà chimico-fisiche (es: idrofobicità) che delle strutture secondarie della molecola stessa. È possibile ruotare sia le molecole nella loro “interezza” che le differenti “strutture” che le compongono (ad esempio le differenti catene di una proteina) in maniera indipendente l’una dall’altra.
iMol supporta numerosi formati (XYZ, MOL2, HIN, CAR, ALC, BIO) oltre al più comune formato PDB (Protein Data Bank) e permette inoltre di esportare e salvare le immagini delle molecole anche come bitmap. Salvando le molecole in formato BIO è inoltre possibile conservare i dati relativi al rendering della molecola (orientamento, colori, etc.) evidenziando anche ad esempio alcuni fra i residui amminoacidici di nostro interesse.
iMol è disponibile gratuitamente per il download dal sito di Piotr Rotkiewicz, lo sviluppatore dell’applicazione, funziona con tutte le versioni di Mac OS X (dalla 10.2 alla 10.6.6) e si installa con un semplice drag and drop.

mMass è un’applicazione molto utile per l’analisi e l’interpretazione di dati di spettrometria di massa. È open source ed è scritto in Python. mMass supporta diversi formati (mzData, mzXML e mzML), è tuttavia possibile importare un semplice file ASCII (nelle due colonne separate da uno spazio o da una virgola vanno riportati il rapporto m/z e il valore di intensità del picco), o i dati provenienti da spettrometri Bruker, in questo caso però occorre convertire i dati grezzi utilizzando il software CompassXport (www.bdal.de), purtroppo disponibile solo per Windows.
L’interfaccia è molto semplice e in perfetto stile mac. Tutte le funzioni sono di facile accesso e molto intuitive. L’applicazione permette di visualizzare gli spettri di massa, ridimensionarli, ingrandire alcune zone, è poi possibile effettuare tutta una serie di operazioni importanti per l’elaborazione dei dati come il de-isotoping, il peak picking, la calibrazione dello spettro e l’analisi di digeriti proteici mediante confronto diretto tra i dati sperimentali e i dati ottenuti da una digestione in silico della proteina.
Sfruttando l’interfaccia di mMass è possibile analizzare i dati anche utilizzando alcuni database on line come Mascot o ProFound. Molto utile è la possibilità di creare un report in html, contenente tutte le informazioni sullo spettro e l’analisi dei dati. Tale file può poi facilmente essere convertito in un file pdf.
mMass è gratuito e si può scaricare dal sito www.mmass.org nella sezione download.