Avogadro è un software per l’editing ed il design molecolare rilasciato recentemente nella versione definitiva 1.0. Il programma è dotato di molte funzioni: con un semplice clic si disegna un atomo (o gruppo molecolare) che poi si può ingrandire, trascinare e ruotare; inoltre permette di agire sui legami interatomici, che possono essere manipolati anche negli angoli e nei piani, oltre che nella lunghezza; il programma è dotato di un ottimo sistema (messaggi) che, mentre si disegna, indica in basso le distanze in Angstrom ed in gradi. Altre funzionalità comprendono la selezione di singoli atomi, il “righello/goniometro” (per la misurazione dei dati fra gli atomi) ed una utilissima funzione che visualizza, in diversi colori, i piani fra gli atomi ed inoltre l’ingombro sterico reale (sfere di Van der Waals). Una freccetta rossa indica il dipolo della molecola disegnata. Avogadro visualizza dati in formato mol, mdl, pdb, mol2, xyz, g03, sdf, fch, ecc… ed importa anche le molecole .pdb dalle banche dati o repositories tipo Protein Data Bank.
Esistono numerosi tutorial per imparare a sfruttarne le capacità. Si scarica a partire da questa pagina nelle versioni per Windows, Linux e Mac OS X. È Open Source (disponibile il codice in GNU-GPL), il rendering è fluido, supporta la visualizzazione cristallografica a celle, rende bene le iso-superfici… è gratuito… che volete di più?
Corro ad usarlo per gli studi di biologia molecolare computazionale!