CLC DNA Workbench, precedentemente conosciuto come CLC Gene Workbench, è un programma di bioinformatica per l’analisi avanzata di sequenze di DNA e di Proteine. È un software professionale, utile solo a chi con queste stringhe di acidi nucleici ed aminoacidi ci lavora, ed infatti il prezzo (1.975 dollari) è sensibilmente scontato per l’ambiente Accademico (990 dollari).
Appena lanciato, il software crea un ambiente che permette all’utente di eseguire un gran numero di analisi avanzate di sequenze di DNA, RNA, Proteine, combinate ad eccellenti possibilità di visione grafica e di esportazione (anche in formato Excel oltre che liste multiple di sequenze in formato FASTA /Pearson).
Il software accede automaticamente ad un percorso definibile per il download di sequenze di DNA e di Aminoacidi (esempio:NCBI BLAST, Protein Data Bank…), e permette l’input/import di sequenze proprietarie.
Le funzioni sono molteplici: Import di sequenze anche in formato .zip o .gzip o .tar oltre che acl, clc, phr, pal, nhr, nal, cm5, aln, str, bsml; Help Alerts quando si importano sequenze Genbank o gff o la lunghezza non combacia con la sequenza vera o il nome del gene non c’è; Nell’esportazione in formato csv c’è la possibilità di settare in Locale se usare punto o virgola come separatore (virgola in USA); Il plug-in GFF è stato aggiornato per accettare annotazioni complesse; Assemblaggio di dati di sequenziamento DNA; Design Avanzato Grafico ed Algoritmico; Cloning Molecolare; Annotazioni di SNP (Single Nucleotide Polimorphisms); Allineamento e Comparazione di sequenze, Alberi di comparazione distanze filogenetiche; Ricerca di Motivi (conosciuti); Ricerca di Pattern (sconosciuti); BLAST search; Studio con Primers e Probes – Creazione di Primers, liste ; Studio con enzimi di restrizione; Plottaggio grafico (dot plot); Analisi dell’idrofobicità; Ricerca in GenBank e PubMed; Log delle analisi e delle azioni intraprese.
In questi screenshot abbiamo paragonato le sequenze di mRNA che codifica per una proteina oncosoppressore (p53) che protegge dal cancro, una di ratto norvegico e una di uomo, plottate in forma lineare l’una e e circolare l’altra. Seguono un plot di analisi della idrofobicità di una molecola di DNA, per residuo. Infine una comparazione ad albero con le distanze fra sequenze di residui DNA.
Un software completo insomma, per professionisti della genetica e della biologia molecolare. CLC DNA Workbench, appena aggiornato alla nuova versione 5.6.1, è disponibile per il download in versione trial, che al termine di trenta giorni dal primo lancio cesserà di funzionare. Richiede un Mac con Mac OS X 10.4 o successivi.