Per inizializzarlo completamente devi avviare da un disco/drive esterno. Un clone, un'installazione o una chiavetta con l'installer.
Dato che poi dovrai reinstallare, scarica l'installer, prepara la chiavetta, avvia da chiavetta e poi inizializza il disco.
https://support.apple.com/it-it/102662
https://support.apple.com/it-it/101578
N.B. Naturalmente dovrai prima fare una copia dei tuoi file importanti, perché inizializzando il disco lo cancelli totalmente.
Per inizializzare il disco devi selezionare l'unità fisica (il disco) e non i volumi interni (macintosh hd).