scusate se mi itrometto ma ci sono tre prog che vi consiglerei per le coversioni:
ffmpegX http://www.ffmpegx.com/ gratuito , funzia bene ma ogni tanto non converte e al massimo ti tocca convertire prima in mpeg 2 e poi mpeg 4
VisualHub http://www.techspansion.com/visualhub/ a pagamento funzia bene ed è veloce
isquint http://www.isquint.org/ gratuito,è la ver lite di visualhub , sarebbe dedicata all' ipod ma se ben configurata può convertire quasi tutti i video in mpeg 4 anche con la codifica H.264