Non so, a me funziona tranquillamente.
Prova ad eliminare le cartelle Cyberduck da Home/Libreria/Caches e da Home/Libreria/Application Support.
Infine elimina il file ch.sudo.cyberduck.plist da Home/Libreria/Preferences
Ovviamente dovrai reimpostare l'applicazione ed aggiungere nuovamente i preferiti.
Famm sapè.