Dipende dai casi.
In Mac OSX il software (inteso come Sistema Operativo) viene "toccato" anche dai software esterni che si installano su dischi a parte.
Cioè, ogni applicazione potenzialmente può installare un supporto, un plugin o un estensione nella Libreria del Mac.
Un domani che decidessi di "reinstallare il software" di Sistema, probabilmente dovrai reinstallare anche buona parte delle applicazioni presenti su un altro disco o un'altra partizione.
Per quanto mi riguarda io da anni utilizzo una sola partizione senza avere mai problemi.
Nel malaugurato caso di un danno al disco conservo altrove il backup dell'utente e gli installer dei software.