Quella cartella "archivio" ti si è creata perché hai effettuato il backup con CCC senza disattivare la funzione "Safety Net".
Con questa funzione attivata, CCC ti crea per ogni operazione di backup il clone speculare del disco che vai a salvare sulla copia però, invece che cancellarti gli elementi sul disco di destinazione non più presenti o cambiati nel disco di origine, te li salva "incrementalmente" (da cui "backup Incrementale") spostandoli in questa cartella che lui crea e denomina "Archivio".
Nella logica del clone di backup speculare ed avviabile che è la principale ad indicare l'efficacia e l'utilità dell'uso di CCC, questa funzione è ridondante e fondamentalmente inutile, per quella funzione di tenere i vecchi file è molto meglio tenere in funzione un altro disco per far lavorare Time Machine.
Il consiglio che ti dò quindi è di avere un disco (tendenzialmente) sempre attaccato per Time Machine (preferibilmente di almeno due -se non tre grandezze- maggiore del disco interno) e di avere un altro disco (o una partizione) di dimensione uguale a quella totale dell'HD interno per far girare con regolarità e cadenze adeguate al tuo caso CCC avendogli disattivato questa funzione "Safety Net". Forse nella situazione che ti si è creata, la cosa migliore è disattivare questa funzione e far partire CCC per un nuovo backup, vedrai che alla fine di questo ti avrà copiato l'HD interno in maniera specularmente identica su quello esterno e ti avrà anche cancellato tutti i file e cartelle non presenti sull'HD interno fra i quali anche questa cartella "Archivio".
Altro consiglio: se non sempre, almeno ogni tanto, finito il backup di CCC, testane la piena riuscita riavviando da questo.