Macché placebo d'Egitto! Hai ricostruito l'indice di Mail, adesso la colpa dovrebbe dipendere più da hotmail che da Mail.
Se vuoi puoi buttare (o spostare altrove) anche questi:
DefaultCounts
MessageUidsAlreadyDownloaded3
BackupTOC.plist
OpenedAttachments.plist
Envelope Index