A parte che non interferisce con Mac OSX poiché Windows è "rinchiuso" in un documento tipo disco immagine. Comunque hai un paio di opzioni, dopo l'installazione copiare altrove l'applicazione (che in sé non rappresenta nulla) e soprattutto destinare i file immagine di Windows sul disco esterno, adesso non ricordo se c'è l'opzione per farlo comunque normalmente dovrebbe installarli in Supporto Applicazione o da qualche altra parte.
Vediamo se qualcuno può consigliarti, tipo Andrea.