I files invisibili sono utili al Sistema per diverse cose.
I ".DS_Store", per esempio, servono a "ricordare" come abbiamo lasciato le cose in una cartella, mentre ".Trash" è il cestino presente su ogni volume (penna, HD o Home), e corrisponde al cestino gestito dall'utente.
Ti rimando ad un articolo che parla proprio di questi files.
http://www.imaccanici.org/article.php?story=fat32_probe
iMaccanici, e sai cosa bevi!