Vai in App sulla colonna di sinistra, selezioni l'applicazione, premi "backspace" oppure tasto destro(ctrl+clic)>elimina ed è fatto.
Dopo aver dato il comando elimina, ti chiederà se vuoi eliminarla anche dalla cartella Musica>iTunes>Mobile Applications.
Se acconsenti, l'applicazione sarà rimossa definitivamente dal tuo computer.
Se non acconsenti, l'applicazione sarà rimossa da iTunes (e quindi non più sincronizzata con gli iDevices), ma rimarrà nel computer, pronta per essere rimessa in iTunes dopo un doppio clic sulla applicazione stessa (che si trova in Musica>iTunes>Mobile Applications) oppure un drag & drop della stessa.
N.B. Se elimini l'applicazione da iTunes, ma non da un iCoso, quando provi a sincronizzare quest'ultimo, ti sarà chiesto se vuoi trasferire le app che sono sull'iCoso in iTunes.