Purtroppo una conversione in MP4 non sarà mai identica al DVD (Mpeg2) proprio perché avviene una conversione. È possibile settare la qualità al massimo, ma peserà anche il doppio e non sarà mai come l'originale.
Per quanto riguarda iMovie bisognerebbe dargli in pasto un file .DV (non compresso per cui molto ma molto pesante) e non un MP4 che verrà poi riconvertito in Mpeg2. Insomma per ridurre la perdita di qualità è meglio passare da Mpeg2 a DV da modificare e di nuovo a Mpeg2 piuttosto che passare per un MP4. Ma spesso occorrono decine di GB di spazio libero.
Gli mkv non li tratto mai, ma suppongo che HandBrake offra la possibilità di aumentare la qualità al 100% anche con gli mkv.
Ah, con il vecchio iMovie HD usavo il trucco di inserire il pesante file .DV direttamente nel pacchetto (documento vuoto di iMovie HD) risparmiando un sacco di tempo e spazio per l'importazione. Adesso con il nuvoo iMovie non è più possibile.