El Capitan non crea problemi; il problema è che Disco Utility di El Capitan non prevede più la possibilità di creare un raid0 e va quindi fatto via terminale, molto più complicato.
Prova a leggere qui per ottenere una versione di Disco Utility di Yosemite compatibile con El Capitan:
viewtopic.php?f=33&t=35969" onclick="window.open(this.href);return false;
Per il tuo dubbio siamo alle solite, quanto è incasinato il tuo sistema?
In ogni caso con due SSD SATA3 in Raid0 volerai e quindi io me ne fregherei e clonerei, risparmiando tutto il tempo necessario a reinstallare...
PS Lo sai vero che, con due dischi in raid0, se uno dei due si pianta, perdi il contenuto anche dell'altro?
Mantieni un (magari anche due) backup bello aggiornato