1) Se avete necessità (urgenza) di eseguire il primo backup con Mojave installato, seguite con cura tutte le istruzioni elencate nel seguente link:
https://nektony.com/mac-app-cleaner/troubleshooting
2) Se non avete urgenza, aspettate il rilascio della prossima versione (la 6.2) di App Cleaner & Uninstaller
3) Il problema di Time Machine con Mojave si presenta solo per gli utenti che avevano installato la suddetta App e che avevano di recente (credo dal 26 sett.) aggiornato l'App alla versione 6.0.