Forse ho la risposta, ma prima una domanda
Perché anziché seguire il sistema suggerito da apple
https://support.apple.com/it-it/guide/m ... /mac/10.13 (in pratica quello che hai fatto su indicazione di iMaurizio) ti sei complicato la vita?
La risposta
Nel tempo, dentro la cartella Mail in Libreria è cambiata l'organizzazione e la cartella che contiene quelle di tutti gli account ha cambiato nome (e non solo, anche organizzazione interna!) vedi esempio qui sotto
come vedi in Mavericks e Yosemite la cartella si chiamava
V2 e aveva gli account identificati con il proprio indirizzo mail, nelle versioni successive, ad esempio El Capitan era
V3 mentre in High Sierra come nel tuo caso, si chiama
V5 e cambia sistema adottando per ogni account nomi alfanumerici astratti (per noi)
Quelli rappresentati nell'immagine, in realtà sono più o meno gli stessi account, notare la differenza.
Se quindi hai spostato la cartella mail - o il suo contenuto - "pari-pari" probabilmente la nuova versione di mail non riesce a recuperare le info dei vecchi account, cosa che non succede importando i dati come .mbox che invece li converte e li ordina secondo il nuovo sistema.
Questo spiega perché invece, facendo la manovra tra due mac con lo stesso sistema (El Capitan, entrambi quindi con cartella chiamata V3 e stessa organizzazione) tu non abbia avuto il problema
Se la mia ipotesi fosse corretta, andando a vedere nella cartella Mail dovresti notare la differenza e avere più cartelle degli account effettivi