Hai ragione, ero stato disattento nel leggere... Avevo travisato, immaginando che non andasse a partire l'installazione, non l'avvio dalla chiavetta.
Se l'HD interno con El Capitan sta messo bene come sistema e applicazioni, forse la cosa più semplice da fare sarebbe avviare il Macbook Pro dall'HD interno montato esternamente con un case o un cavo SATA a USB, quindi dall'Utility Disco di questo inizializzare e partizionare in GUID l'SSD interno
(verificando così anche che questo SSD viene visto...), e quindi clonare specularmente con Carbon Copy Cloner.
Oppure togliere l'SSD, rimettere l'HD internamente e vedere, dopo un reset della PRAM (
https://support.apple.com/it-it/HT204063 ), se il Mac si riavvia da questo, escludendo così altri problemi. Se il Macbook Pro vede e riavvia dall'HD originale rimontato internamente e invece non vede l'SSD montato internamente, allora è sicuramente da cambiare il cavo SATA interno che collega l'HD alla scheda logica.
Avvertenza: il reset della PRAM va fatto ogni volta che si riavvia il Mac la prima volta dopo ogni e qualsiasi cambio di hardware interno, quindi andrebbe fatto anche nella situazione attuale, con l'SSD già montato internamente e prima di avviare dalla chiavetta installer; questo è il primo tentativo che farei!