Ho trovato la soluzione con Apple Mail su El Capitan, ma presumo anche su versioni meno recenti, basta selezionare la casella (o le caselle) e dal menu "Casella" selezionare "Ricostruisci". Farlo per tutte le caselle sia in entrata che in uscita.
Una volta che ha finito l'elaborazione (pochi secondi ed ho email dal 2005) comparirà il numero delle email non lette anche a fianco della casella, selezionatela e dal menu "Vista", sottomenu "Ordina per" selezionate "Non letto" e "Messaggio più recente in alto".
Quando avrete elaborato le email "fantasma" riapparse (cancellate, spostate in sotto cartelle o come volete) potrete rimettere l'ordine che preferite (per quanto mi riguarda data e dal più recente) sempre dal menu "Vista".
Consiglio di ricostruire anche il cestino.
Grazie lo stesso per le non risposte, so che l'intenzione forse c'era, ma la voglia no. Dice: «Ma allora perché hai scritto la soluzione?» Semplice, perché mi ritengo una persona migliore di chi non ha voluto rispondere.
Saluti.