Piccola prefazione: gmail è un provider molto orientato alla sicurezza degli utenti, quale altro servizio (gratis) ti avvisa, per esempio, se ci sono stati collegamenti "sospetti" al tuo account? (altro IP, OS, etc)
Per il tuo problema, sono quasi sicuro che una volta impostato l'account IMAP tu possa copiare le vecchie email direttamente da Mail sul server. Dovresti quindi lasciare attivo l'account POP il tempo necessario alla copia.
Assicurati però di togliere il controllo automatico della posta al POP, altrimenti potresti entrare in un circolo del demonio
nel quale mentre tu carichi su IMAP, il POP si riscarica tutti i messaggi e così via
Logicamente ci potrebbe volere parecchio tempo, ma dovrebbe funzionare.
Magari prova prima con una decina di email e vedi il risultato. Dovrai anche configurare Mail di conseguenza, in modo che non cancelli più le mail dal server quando le scarica.