Bah, perso per perso potresti provare a fare un tentativo seguendo quanto indicato
QUI
Occorre visualizzare, in una finestra del Finder, la cartella Mail con le sottocartelle V* come già detto, metterne i contenuti sulla Scrivania e successivamente importare nuovamente dal disco di backup le caselle di posta.
Non è una ricostruzione propriamente detta, è una nuova reimportazione da backup, nella supposizione che quella effettuata in precedenza non sia andata a buon fine, col disguido del Cerca che non funziona bene.
Con una nuova reimportazione, da un backup recente, magari ritornano pure i settaggi e le funzioni ora mancanti.
Su Pondini le schermate si riferiscono a SL, ma il principio è lo stesso anche con Sierra che ho io.
Disco di backup collegato, visualizzazione di ~/Library/Mail sul Finder, apertura di Time Machine, reimportazione.