Grosso modo hai elencato tutto il da farsi correttamente.
Se vuoi però portarti anche le organizzazioni, allora devi optare per una installazione pulita e poi importare il tutto da assistente migrazione da un backup (il più recente) di Time Machine.
Questa installazione è pulita, diciamo al 85%.
In caso invece volessi una installazione pulita al 100%, allora devi procedere nel modo elencato, e perdere un po' di tempo ad riorganizzare il tutto come prima.
La mia esperienza, di installazioni pulite (poche al dire il vero) ti dice che non puoi credere, dopo aver installato l'OS pulito, a quante applicazioni rinuncerai naturalmente, rispetto a prima, perché ti rendi conto che non ti servono.
Quando hai l'OS pulito, metterai solamente le applicazioni che ti interessano maggiormente e che utilizzi tutti i giorni.
Nel tempo poi, man mano che ne avrai realmente bisogno installi.
Io ho due installazioni pulite, salvate su due HD diversi con Carbon Copy Cloner.
La prima a doc, con le applicazioni necessarie di base.
La seconda, la più recente e perfettamente funzionante, cioè l'attuale, con anche il superfluo.