E qui casca l'asino
avevo dimenticato di dire che l'ho impostato su avvisi. Per qualsiasi altro programma le impostazioni in Preferenze Sistema>Notifiche funzionano, invece Mail sembra l'unica che non vuole cambiare. Di default infatti era su banner, io l'ho impostata su avvisi, ma continua tranquillamente a funzionare come banner